Dans la Crypte, le passé antique, médiéval et classique montre les fondations de Paris : salles gallo-romaines, mur d'enceinte du début du ive siècle, sous-sol de l'ancienne chapelle de l'Hôtel-Dieu, restes médiévaux de la rue Neuve Notre-Dame, fondations de l'Hospice des Enfants-Trouvés, tracés des égouts haussmanniens.